고용창출투자비 공제도 개정 뒤 지방소득세에 이어질까? — 2023두31539

CASE NOTE 69 · 대법원 2023. 12. 7. 선고 2023두31539 판결

세 줄 요약

• 회사는 2012~2013년에 쓴 고용창출투자비의 공제를 2014년 법인세에서 받았습니다.
• 법 개정 전 제도를 근거로 같은 해 법인지방소득세도 돌려 달라고 청구했습니다.
• 대법원은 이 투자비 공제가 지방소득세 감면까지 명시한 규정은 아니라고 판단했습니다.

1. 어떤 일이 있었을까?

회사는 2012~2013년에 고용창출투자비를 지출했지만 최저한세 등의 제한으로 그해 법인세에서 공제받지 못했습니다. 남은 공제는 2014년 법인세에 적용했습니다.

2014년부터 법인지방소득세를 따로 계산하게 되자 회사는 지방세 신고에는 이월공제를 반영하지 않았습니다. 이후 2014년 지방세 환급을 청구했지만 청구일부터 두 달 이내에 통지를 받지 못했고, 이를 다투었습니다.

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2. 무엇이 쟁점이었을까?

법 개정 전에 투자했다면, 법인세 이월공제 기간 동안 지방소득세 계산 방식도 예전대로 유지해야 할까요?

3. 대법원은 어떻게 판단했을까?

원심은 지방세 계산 규정과 법인세 감면 규정을 한 묶음으로 보아 회사의 기대를 보호해야 한다고 판단했습니다. 대법원은 그렇게 범위를 넓힐 수 없다고 보았습니다.

경과규정의 ‘종전의 규정’은 개정 대상인 구 지방세법 본칙을 가리킵니다. 고용창출투자비 이월공제는 조세특례제한법에 있는 법인세 공제 규정으로, 지방소득세를 앞으로 일정 기간 감면하겠다는 규정이 아닙니다.

따라서 2014년 법인지방소득세에 옛 계산 방식이 적용된다는 전제는 잘못됐습니다. 대법원은 원심판결을 파기환송했습니다.

4. 이 판결의 시사점

고용과 투자를 결정하며 예상한 세금 혜택이 법 개정 뒤에도 이어지는지 별도로 확인해야 합니다.

투자비를 쓴 시점과 공제를 적용할 세목·사업연도를 구분해 보세요. 과거에 공제가 가능했다는 이유만으로 앞으로 낼 지방소득세까지 같은 방식으로 줄어든다고 예상하면 부담을 잘못 계산할 수 있습니다.

이 판결을 다른 사안에 적용할 때

• 확인할 사실: 투자 시기, 이월공제의 근거 법률과 지방소득세 개정 부칙이 정한 적용관계를 확인해야 합니다.
• 판단의 한계: 과거 투자에서 공제 기대가 생겼다는 이유만으로 개정 후 지방소득세에도 옛 계산 방식이 이어지지는 않습니다. 모든 종류의 경과규정에 같은 결론이 적용된다는 뜻도 아닙니다.
• 적용 시점: 이 해설은 해당 판결이 적용한 당시 법령을 기준으로 합니다. 다른 시기의 거래에 적용하려면 거래일·과세기간에 맞는 조문과 부칙, 이후 개정 및 판례를 따로 확인해야 합니다. 선고일이나 이 글의 수정일이 현행법 대조를 마친 날짜를 뜻하지는 않습니다.

출처

• 국가법령정보센터 판례 전문 · 2023두31539
• 판결문에 인용된 당시 적용 법령