법인세 공제 규정까지 지방세의 옛 규정에 포함될까? — 2020두42668

CASE NOTE 68 · 대법원 2023. 12. 7. 선고 2020두42668 판결

세 줄 요약

• 회사는 개정 전 연구비 등의 공제가 개정 뒤 법인지방소득세에도 이어진다고 주장했습니다.
• 쟁점은 경과규정에 나온 ‘종전의 규정’에 법인세 공제 조항까지 포함되는지였습니다.
• 대법원은 개정 대상인 구 지방세법 본칙으로 범위를 한정하고, 이 사건 지방세 환급을 인정한 원심을 파기환송했습니다.

1. 어떤 일이 있었을까?

회사는 2009~2013년 연구·인력개발비 등에 대한 미사용 공제를 2014~2017년 법인세에 적용했습니다. 같은 기간의 법인지방소득세에는 이를 반영하지 않았습니다.

이후 회사는 개정 전 지방소득세가 법인세액을 기준으로 계산됐으므로, 법인세를 줄여 주는 규정도 지방세 경과규정에서 함께 보호해야 한다며 환급을 청구했습니다. 이천시장 등은 청구를 거부했습니다.

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2. 무엇이 쟁점이었을까?

옛 지방세가 법인세액에 연동되어 있었다면, 법인세 감면 규정도 지방세 경과규정의 ‘종전의 규정’일까요?

3. 대법원은 어떻게 판단했을까?

대법원은 이 경과규정이 지방세법 개정에 따른 신구 법률의 적용관계를 정한다고 설명했습니다. 따라서 ‘종전의 규정’은 개정 대상인 구 지방세법 본칙을 뜻하며, 다른 법률에 있는 조세특례제한법의 이월공제 규정까지 포함하지 않습니다.

조세특례제한법은 법인세 공제를 규정했을 뿐 지방소득세 감면을 정하지 않았습니다. 구 지방세법의 산출 규정도 지방세 감면을 직접 명시한 조항은 아니었습니다.

옛 방식에서 법인세가 줄면 지방소득세도 함께 줄었다는 결과만으로, 개정 뒤 지방세 감면까지 보장한 규정이 있었다고 볼 수 없었습니다. 대법원은 회사의 지방세 환급을 인정한 원심의 판단을 받아들이지 않았습니다.

4. 이 판결의 시사점

법인세가 줄어 지방세도 함께 줄었던 경험만으로 개정 뒤에도 같은 공제를 요구하기는 어렵습니다.

현재 다투는 지방세에 공제를 인정하는 법적 근거가 있는지 확인해 보세요. 과거 신고와 연구비 내역을 갖추고 해당 과세연도의 경과규정이 무엇을 보호하는지 세무 전문가와 검토할 필요가 있습니다.

이 판결을 다른 사안에 적용할 때

• 확인할 사실: 개정된 지방세법의 경과규정과 다른 법률의 법인세 이월공제 조항을 구분해야 합니다.
• 판단의 한계: 다른 세목의 공제 규정이 존재한다는 이유만으로 지방세 경과규정의 보호 범위에 포함되지는 않습니다. 법인세 공제 자체를 부정한 판결로 읽어서도 안 됩니다.
• 적용 시점: 이 해설은 해당 판결이 적용한 당시 법령을 기준으로 합니다. 다른 시기의 거래에 적용하려면 거래일·과세기간에 맞는 조문과 부칙, 이후 개정 및 판례를 따로 확인해야 합니다. 선고일이나 이 글의 수정일이 현행법 대조를 마친 날짜를 뜻하지는 않습니다.

출처

• 국가법령정보센터 판례 전문 · 2020두42668
• 판결문에 인용된 당시 적용 법령