CASE LAW BULLETIN

토지거래허가구역이 풀린 날부터 종부세 특례 5년을 셀까 — 2023두50516

CASE NOTE 102 · 대법원 2025. 7. 16. 선고 2023두50516 판결

세 줄 요약

  • 주택건설용 토지의 종부세 합산배제와 관련해 취득일부터 5년의 기산점이 문제 되었습니다.
  • 대법원은 허가구역 해제일이 아니라 잔금 지급일을 취득일로 보아야 한다고 판단했습니다.
  • 허가구역 해제로 매매계약이 소급하여 유효해진 경우라는 점이 전제입니다.

1. 어떤 일이 있었을까

주택건설사업자는 도시개발사업을 위해 토지거래허가구역 안의 토지를 매수했습니다. 매매대금 잔금은 2006년 12월부터 2010년 6월 사이에 지급했고, 해당 토지의 허가구역 지정은 2014년 2월 6일 해제되었습니다.

사업자는 2014년 종부세 합산배제를 신고했습니다. 당시 특례는 주택건설사업자가 주택을 짓기 위해 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 사업계획 승인을 받을 토지를 대상으로 했습니다. 정해진 기간 안에 승인을 받지 못하면 감면한 세액과 이자상당액을 추징하는 규정도 있었습니다.

세무서는 잔금 지급일부터 5년 안에 사업계획 승인을 받지 못했다고 보아 2014~2016년분 종합부동산세 등을 추징하고, 2017년분에도 합산배제를 적용하지 않았습니다. 반면 원심은 허가구역이 해제된 2014년 2월 6일부터 계산하면 처분 당시 아직 5년이 지나지 않았다고 보았습니다.

CASE NOTE 102 · 2023두50516. 토지거래허가구역이 풀린 날부터 종부세 특례 5년을 셀까의 사실관계와 쟁점 도식.
사실관계와 쟁점을 설명하기 위한 삽화입니다. 이미지 전체 보기 · 확대

2. 무엇이 쟁점이었을까

허가를 받기 전 매매계약은 효력이 확정되지 않은 상태입니다. 원심은 허가구역 해제 전에는 매수인이 토지를 사용·수익·처분할 수 없었다는 이유로, 해제일을 사실상 취득일로 보았습니다.

반면 과세관청은 이미 잔금을 지급한 날을 기준으로 해야 한다고 보았습니다. 같은 토지라도 출발점을 어디에 두는지에 따라 5년 요건이 크게 달라집니다.

3. 대법원은 어떻게 판단했을까

대법원은 이 사건 토지의 취득일을 잔금 지급일로 보았습니다. 특례 조항 자체에 취득일의 정의가 없으므로, 종부세와 재산세의 납세의무 및 취득 관련 규정을 함께 해석했습니다.

유상으로 취득한 부동산은 특별한 사정이 없다면 잔금 지급일에 실질적인 소유권을 취득한 것으로 봅니다. 토지거래허가를 전제로 대금을 지급한 계약도 그 후 허가를 받거나 허가구역 지정이 해제되면 소급하여 유효해집니다. 이 사건도 허가구역이 해제되었으므로 잔금 지급일에 취득한 것으로 보아야 했습니다.

따라서 해제일부터 새롭게 5년을 계산한 원심 판단에는 잘못이 있었습니다. 대법원은 이 기준에 따라 다시 심리하도록 사건을 환송했습니다. 환송심에서는 잔금 지급일을 출발점으로 삼아 특례 적용과 추징 여부를 다시 판단해야 합니다.

4. 이 판결의 시사점

토지거래허가구역이 해제되어 사업을 추진할 수 있게 되었더라도 종부세 특례기간이 그날부터 시작한다고 생각하지 않아야 합니다.

계약과 잔금 지급, 구역 해제 및 사업 승인 날짜를 구분해 보세요. 특례 배제를 이유로 과세되었다면 당시 계약의 효력과 세법상 취득일이 어떻게 연결되는지 확인할 필요가 있습니다.

이 판결을 다른 사안에 적용할 때

  • 확인할 사실: 토지의 잔금 지급일과 허가·허가구역 해제의 경위, 사업계획승인 시점을 확인해야 합니다.
  • 판단의 한계: 허가구역이 해제된 날부터 언제나 특례기간을 새로 세는 것은 아닙니다. 계약의 효력과 실질적인 취득 시점을 함께 판단한 사례입니다.
  • 적용 시점: 이 해설은 해당 판결이 적용한 당시 법령을 기준으로 합니다. 다른 시기의 거래에 적용하려면 거래일·과세기간에 맞는 조문과 부칙, 이후 개정 및 판례를 따로 확인해야 합니다. 선고일이나 이 글의 수정일이 현행법 대조를 마친 날짜를 뜻하지는 않습니다.

공식 출처

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