스톡옵션 행사 뒤에 신청해도 세금을 미룰 수 있을까 — 2025두35079

CASE NOTE 154 · 대법원 2026. 3. 12. 선고 2025두35079 판결

세 줄 요약

• 벤처기업 임직원의 주식매수선택권 과세이연 신청이 문제였습니다.
• 전용계좌 개설과 특례 신청은 법정기한 안에 해야 합니다.
• 행사 후 경정청구만으로 누락된 절차를 대체할 수는 없었습니다.

1. 어떤 일이 있었을까

벤처기업 임직원들은 재직 중 주식매수선택권을 행사하고 그 이익을 근로소득에 포함해 종합소득세를 신고했습니다. 이후 과세이연 특례를 적용해 달라며 경정청구했습니다.

그러나 행사일 전일까지 전용계좌를 개설하고 계좌개설확인서를 첨부한 특례적용신청서를 회사에 제출하지 않았습니다. 과세관청은 법정기한 내 절차가 이행되지 않았다며 경정청구를 거부했습니다.

2. 무엇이 쟁점이었을까

과세이연의 실질적 요건만 갖추면 절차는 나중에 보완할 수 있을까요? 전용계좌와 신청기한이 단순한 협력의무인지, 특례 적용의 필수 요건인지가 문제였습니다.

3. 대법원은 어떻게 판단했을까

대법원은 정해진 기한 내 절차 이행이 필수 요건이라고 보았습니다. 해당 규정은 주식의 구분 관리와 과세관계의 조기 확정을 위한 것입니다.

특례를 선택하면 임직원의 과세시점뿐 아니라 회사의 주식보상비용 손금 처리도 달라집니다. 뒤늦은 선택을 허용하면 회사의 세금 관계까지 불안정해질 수 있습니다. 경정청구 거부를 적법하다고 본 원심을 유지하고 임직원들의 상고를 기각했습니다.

4. 이 판결의 시사점

특례 혜택을 받으려면 법에 적힌 요건을 엄격하게 확인하고 기한 안에 갖추는 편이 안전합니다. 나중에 환급 신청으로 보완할 수 있다고 생각하면 혜택을 놓칠 수 있습니다.

이 사건에 적용된 규정상 임직원은 행사일 전일까지 전용계좌를 개설하고, 계좌개설확인서를 첨부한 특례적용신청서를 회사에 제출해야 했습니다. 회사도 전용계좌 주식 입고와 행사 다음 달 10일까지의 명세서 제출 절차를 확인해야 했습니다.

행사 전에 본인과 회사가 할 일을 일정표로 정리하세요. 계좌 개설일, 신청 접수일과 제출 증빙도 보관하세요. 대법원이 특례 요건을 엄격하게 해석한다는 점에 맞추어 준비하는 것이 실무상 유리합니다. 엄격한 해석 자체가 언제나 납세자에게 유리한 결과를 준다는 뜻은 아닙니다.

이 판결을 다른 사안에 적용할 때

당시 적격주식매수선택권 과세이연 특례에 관한 판결입니다. 모든 스톡옵션의 비과세·분할납부 제도와 같은 것으로 보아서는 안 됩니다.

이 글은 판결에 적용된 당시 법령과 사실관계를 설명합니다. 현재 거래에는 과세시기별 법령과 개정·경과규정을 별도로 확인해야 합니다.

공식 출처

공식 판결 전문

대법원 판결 요약