예전에 쓴 연구비, 바뀐 지방소득세에서도 공제받을 수 있을까? — 2020두41696

CASE NOTE 67 · 대법원 2023. 11. 30. 선고 2020두41696 판결

세 줄 요약

• 회사는 2014년 이전 연구비 등에 대한 공제를 뒤 사업연도의 법인세에서 받았습니다.
• 법인지방소득세가 독립된 세금으로 바뀐 뒤에도 같은 공제 효과를 인정해 달라고 요구했습니다.
• 대법원은 지방세 감면을 명시한 종전 규정이 없어 이 사건 경과규정으로 공제 효과를 이어갈 수 없다고 판단했습니다.

1. 어떤 일이 있었을까?

회사는 2009~2013년에 연구·인력개발비 등을 지출했습니다. 당시에는 최저한세 등의 제한 때문에 공제를 다 받지 못했습니다. 최저한세는 공제를 적용하더라도 일정 수준의 세금은 부담하도록 하는 제도입니다.

회사는 남은 공제를 2014~2017년 법인세에 적용했습니다. 한편 2014년부터 지방소득세는 법인세액의 10%를 계산하던 방식에서 법인세 과세표준을 바탕으로 별도 계산하는 방식으로 바뀌었습니다.

회사는 법 개정 전 규정을 적용해 주는 경과규정을 근거로, 이미 낸 법인지방소득세도 돌려 달라고 경정청구했습니다. 청주시 흥덕구청장은 이를 거부했습니다.

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2. 무엇이 쟁점이었을까?

법인세 공제를 나중에 받을 수 있다는 기대가, 개정 뒤 법인지방소득세 공제까지 보장하는 권리일까요?

3. 대법원은 어떻게 판단했을까?

대법원은 단순히 옛 제도가 계속될 것으로 기대했다는 사정만으로는 부족하다고 보았습니다. 종전 규정에 일정한 장래 기간까지 해당 지방세를 면제·감면한다는 내용이 명시되어 있어야 합니다.

구 지방세법은 법인세액을 바탕으로 지방소득세를 계산하는 방법을 정했을 뿐, 연구비에 대한 지방세 감면을 직접 정하지 않았습니다. 연구비 이월공제 조항은 다른 법률인 조세특례제한법에 있는 법인세 공제 규정이었습니다.

따라서 이 사건 경과규정을 근거로 2014~2017년 법인지방소득세에 개정 전 계산 방식을 적용할 수 없었습니다. 대법원은 환급 거부가 적법하다고 본 원심을 유지했습니다.

4. 이 판결의 시사점

법이 바뀌기 전에 연구비를 썼더라도 예전과 같은 지방소득세 공제가 계속 보장되는 것은 아닙니다.

과거 비용을 근거로 환급을 기대한다면 해당 세목의 감면 근거와 경과규정을 확인해 보세요. 법인세 공제를 받았다는 사실과 지방세 공제를 받을 권리를 구분해 예상 부담을 계산해야 합니다.

이 판결을 다른 사안에 적용할 때

• 확인할 사실: 지방세 경과규정이 보호한 대상과 종전 조문이 장래 지방세 감면을 직접 정했는지 확인해야 합니다.
• 판단의 한계: 과거 법인세 공제로 지방소득세도 줄었다는 결과만으로 개정 뒤에도 같은 감면이 보장되지는 않습니다. 연구비 지출 사실과 지방세 감면 근거는 별개입니다.
• 적용 시점: 이 해설은 해당 판결이 적용한 당시 법령을 기준으로 합니다. 다른 시기의 거래에 적용하려면 거래일·과세기간에 맞는 조문과 부칙, 이후 개정 및 판례를 따로 확인해야 합니다. 선고일이나 이 글의 수정일이 현행법 대조를 마친 날짜를 뜻하지는 않습니다.

출처

• 대법원 공식 판결문 · 2020두41696
• 판결문에 인용된 당시 적용 법령