‘차세대 전산시스템’ 개발, 세법상 연구개발일까? — 2021두55203

CASE NOTE 84 · 대법원 2024. 12. 24. 선고 2021두55203 판결

세 줄 요약

• 금융회사가 외부 업체에 맡긴 이른바 ‘차세대 전산시스템’ 개발비의 연구개발비 세액공제 여부가 문제됐습니다.
• 대법원은 회사 업무의 개선만으로 과학적·기술적 진전을 위한 연구개발이 되는 것은 아니라고 보았습니다.
• 위탁자와 실제 개발업체 모두에게 기술적 불확실성이 있었는지, 이를 체계적으로 해결했는지가 중요했습니다.

1. 어떤 일이 있었을까?

이 사건은 금융회사의 이른바 ‘차세대 시스템’ 구축에 관한 판결입니다. 상품·서비스 개발, 서버 안정화, 고객정보 관리 등을 개선하는 전산시스템을 외부 전문 업체에 맡겨 개발한 것입니다.

금융지주회사는 연결납세방식으로 법인세를 신고하면서 그 비용 중 약 302억 원에 대한 연구개발비 세액공제를 청구했습니다.

시스템은 당시의 정보기술을 활용해 기존 업무를 효율화하고 더 나은 서비스를 제공하기 위한 것이었습니다. 원심은 금융회사의 업무 절차와 시스템이 크게 개선됐다는 점을 들어 일부 연도 공제를 인정했습니다.

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2. 무엇이 쟁점이었을까?

발주 회사가 기존보다 나은 시스템을 갖게 됐다면, 그 개발은 곧 과학기술 연구개발일까요?

3. 대법원은 어떻게 판단했을까?

대법원은 과학기술활동을 과학적·기술적 불확실성을 체계적으로 해결해 해당 분야의 진전을 이루려는 활동으로 설명했습니다. 사업상 편리해졌다는 결과만으로는 부족합니다.

외부에 맡긴 경우에는 발주자뿐 아니라 실제 개발을 수행한 수탁자의 입장에서도 결과의 불확실성이 있어야 합니다. 발주자가 몰랐던 기술을 전문 업체가 이미 아는 방법으로 적용한 것과, 해결 방법 자체가 불확실한 연구를 구분해야 합니다.

이 사건 시스템은 목표와 결과에 비춰 과학기술 진전을 위한 활동으로 볼 수 없었습니다. 서비스 개선에 해당할 여지는 있어도 당시 규정상 서비스활동의 위탁연구개발비는 공제 대상이 아니었습니다. 대법원은 공제를 인정한 부분을 파기환송했습니다.

4. 이 판결의 시사점

큰돈을 들여 차세대 시스템을 만들었다고 해서 연구개발 세액공제가 자동으로 인정되지는 않습니다.

단순 도입과 다른 기술적 문제를 해결했는지 보여 줄 자료가 필요합니다. 공제를 준비하거나 부인당했다면 개발 목표와 기존 기술의 한계, 시도와 실패 기록을 비용 내역에 연결해 확인해 보세요.

이 판결을 다른 사안에 적용할 때

• 확인할 사실: 발주자와 수탁자 모두에게 기술적 불확실성이 있었는지, 기존 기술의 적용과 새로운 진전을 구분해야 합니다.
• 판단의 한계: 시스템이 새롭거나 업무가 편리해졌다는 사실만으로 연구개발 공제가 정해지지는 않습니다. 서비스 개선의 가능성과 당시 공제 대상 여부도 별개입니다.
• 적용 시점: 이 해설은 해당 판결이 적용한 당시 법령을 기준으로 합니다. 다른 시기의 거래에 적용하려면 거래일·과세기간에 맞는 조문과 부칙, 이후 개정 및 판례를 따로 확인해야 합니다. 선고일이나 이 글의 수정일이 현행법 대조를 마친 날짜를 뜻하지는 않습니다.

출처

• 대법원 공식 판결문 · 2021두55203
• 판결문에 인용된 당시 적용 법령