새 매매시스템 개발비, 전부 연구개발 공제를 받을 수 있을까? — 2021두48359

CASE NOTE 82 · 대법원 2024. 12. 12. 선고 2021두48359 판결

세 줄 요약

• 거래소는 매매체결 시스템 개발을 외부 업체에 맡기고 연구개발비 세액공제를 청구했습니다.
• 대법원은 알고리즘 전면 재설계 등 이 사건 개발이 과학기술활동이라는 판단을 받아들였습니다.
• 다만 2013·2014년 비용은 수탁업체 전담부서가 직접 수행한 부분인지 추가 확인해야 했습니다.

1. 어떤 일이 있었을까?

거래소는 2011~2014년 새로운 매매체결 시스템의 개발을 위탁하고 약 137억 원의 비용에 대해 법인세 환급을 청구했습니다.

개발 과정에서는 대부분의 소프트웨어와 솔루션을 독자적으로 만들고 알고리즘을 전면 재설계했습니다. 공동 특허도 등록했습니다. 세무서는 연구개발 위탁이 아니라 완성된 결과물을 사는 비용이거나 서비스 개발 비용이라고 주장했습니다.

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2. 무엇이 쟁점이었을까?

시스템 개발이 연구개발에 해당한다는 판단만으로, 모든 연도의 위탁비용을 전액 공제할 수 있을까요?

3. 대법원은 어떻게 판단했을까?

대법원은 이 개발이 과학적·기술적 진전을 위한 활동이라는 원심 판단을 인정했습니다. 통상적인 계약상 의무를 수탁업체에 정했다고 해서 곧바로 결과물 구매가 되는 것도 아니었습니다. 실패와 시행착오의 위험은 최종적으로 거래소가 부담했습니다.

과학기술활동에 해당하면 서비스 개발에도 해당한다는 이유만으로 공제에서 제외되지 않습니다. 다만 공제 대상 비용의 별도 요건은 여전히 충족해야 합니다.

2013년부터 적용되는 규정은 수탁업체의 전담부서 등이 직접 수행한 부분으로 범위를 한정했습니다. 대법원은 이 부분을 조사하지 않고 2013·2014년 비용 전부를 공제한 판단을 파기환송하고, 나머지 상고는 기각했습니다.

4. 이 판결의 시사점

새 시스템을 개발한 회사가 연구개발 세액공제를 신청하려면 기술적 성과뿐 아니라 어떤 조직과 인력이 일을 했는지도 설명할 수 있어야 합니다.

위탁업체에 연구조직이 있다는 이유만으로 공제액이 보장되지는 않습니다. 계약과 참여 인력·비용 기록을 갖추어 공제 대상 범위를 확인해 보세요.

이 판결을 다른 사안에 적용할 때

• 확인할 사실: 개발의 기술적 불확실성과 실패 위험, 실제 수행 부서와 재위탁 부분, 비용이 발생한 연도를 확인해야 합니다.
• 판단의 한계: 연구개발 활동이라는 판단만으로 모든 위탁비가 공제되는 것은 아닙니다. 활동의 성격과 연도별 공제 대상 비용의 요건을 각각 충족해야 합니다.
• 적용 시점: 이 해설은 해당 판결이 적용한 당시 법령을 기준으로 합니다. 다른 시기의 거래에 적용하려면 거래일·과세기간에 맞는 조문과 부칙, 이후 개정 및 판례를 따로 확인해야 합니다. 선고일이나 이 글의 수정일이 현행법 대조를 마친 날짜를 뜻하지는 않습니다.

출처

• 대법원 공식 판결문 · 2021두48359
• 판결문에 인용된 당시 적용 법령