노하우 이전 계약금이 정액이면 한국 과세도 면제될까

CASE NOTE 165 · 대법원 2026. 4. 9. 선고 2023두54761 판결

세 줄 요약

미국 회사는 국내 회사에 간암 표적치료용 화합물 관련 기술과 노하우를 이전하는 계약을 맺었습니다. 정액기술료와 함께, 향후 완제의약품 순매출액의 일정 비율을 경상기술료로 받기로 했습니다.

국내 회사는 정액기술료 중 계약금 5억 원을 지급하며 법인세를 원천징수했습니다. 미국 회사는 이 계약금이 국내원천소득이 아니라며 환급을 청구했습니다.

하나의 계약에 정액대금과 매출 연동대금이 함께 있으면 모두 사용료일까요? 정액 계약금을 사용료에서 제외한다면 자본적 자산 양도소득으로 곧바로 면제할 수 있는지도 쟁점이었습니다.

대법원은 권리를 양도한 대금 가운데 장래 생산성·사용·처분에 연동되는 조건부 변동대가를 협약상 사용료로 구분했습니다. 이 사건 정액 계약금을 그러한 사용료로 보지 않은 판단은 인정했습니다.

그러나 이 사건 사업용 노하우 등은 조약 체결 당시 미국 세법상 감가상각 대상이어서 협약 제16조의 자본적 자산으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 자본적 자산이라는 전제로 한국 과세를 면제한 원심은 파기환송했습니다.

환송심에서는 협약 제6조 제7항의 재산 매각소득 규정에 해당하는지와 노하우 등이 매각된 장소를 한국으로 볼 수 있는지를 추가로 심리해야 합니다.

기술이전 계약에서는 계약금, 단계별 지급금과 매출 연동대금을 나누어 검토하세요. 이름이 모두 ‘기술료’라고 해서 소득 구분까지 같은 것은 아닙니다.

계약서에는 이전하는 권리의 범위, 계속 제공할 용역, 지급 조건을 분명히 적는 것이 좋습니다. 정액대금이라는 이유만으로 원천징수를 생략하지 말고, 적용 조약과 과세 면제 규정을 별도로 확인하세요.

이 판결이 직접 다룬 금액은 정액 계약금입니다. 같은 계약의 장래 경상기술료까지 모두 사용료가 아니라고 판단한 것은 아닙니다.

이 글은 판결에 적용된 당시 법령과 사실관계를 설명합니다. 현재 거래에는 과세시기별 법령과 개정·경과규정을 별도로 확인해야 합니다.